「エヴァンゲリオン」シリーズとのコラボは、前作のTVアニメ「新幹線変形ロボ シンカリオン」、劇場版「新幹線変形ロボ シンカリオン 未来からきた神速のALFA-X」に続き、3度目のこととなる。併せて、前回の「シンカリオン 500 TYPE EVA」からデザインがパワーアップした「シンカリオンZ 500 TYPE EVA」の姿が公開に。2015年にJR西日本山陽新幹線の全線開業40周年と、「新世紀エヴァンゲリオン」のテレビ放送開始20周年を記念して誕生したエヴァンゲリオン新幹線「500 TYPE EVA」が変形し、「シンカリオンZ 500 TYPE EVA」となって作中で描かれる。
また名古屋鉄道の「エヴァンゲリオン特別仕様ミュースカイ」が、武装強化車両・ザイライナーの「ザイライナー ミュースカイ TYPE EVA」として登場することも発表された。私鉄の在来線が作中に登場し、Z合体を行うのは今回が初めて。さらに「シンカリオンZ 500 TYPE EVA」と「ザイライナー ミュースカイ TYPE EVA」がZ合体したシンカリオン「シンカリオンZ 500 ミュースカイ TYPE EVA」の姿も初公開された。放送日など、詳細は続報を待とう。