臨時休館に伴い、開催中のライゾマティクス(Rhizomatiks)の設立15周年を記念した個展「ライゾマティクス_マルティプレックス展」をはじめ、「マーク・マンダース-マーク・マンダースの不在」「Tokyo Contemporary Art Award 2019-2021 受賞記念展」「MOTコレクション コレクションを巻き戻す」の4つの展覧会が休止となる。施設内の美術図書室や、カフェ&ラウンジ「二階のサンドイッチ」、レストラン「100本のスプーン」、ミュージアムショップも営業を休止し、美術図書室は当面の間予約受付を行わないという。今後の開館については、公式サイトやツイッターで随時発信される。
東京都が発表した施設や店舗の休業要請では、酒類の提供やカラオケ設備を有する遊興施設および飲食店に加え、床面積が1000平方メートルを超える大型の商業施設、映画館やプラネタリウムといった劇場、博物館、美術館、遊興施設、エステティックサロンなどが対象。床面積1000平方メートル以下の施設については協力依頼扱いとなる。