カラーバリエーションはR1250GSのみ『ライト・ホワイト』、R1250GS Adventureのみ『アイス・グレー』を採用しており、両モデルともに『ブラック・ストーム・メタリック/ブラック/アガット・グレー』、『ライト・ホワイト/レーシング・ブルー・メタリック/レーシング・レッド』と、GS誕生40周年を記念し、往年の名車R100GSにインスパイヤされたブラック&イエローの特別カラー40 years GS edition『ブラック・ストーム・メタリック』を設定している。
メーカー希望小売価格(消費税込み)は以下の通りだ。
BMW R1250GS:219万2000円
BMW R1250GSプレミアム・スタンダード:265万6000円
BMW R1250GSプレミアム・ライン:265万6000円
BMW R1250GS Adventure:231万9000円
BMW R1250GS Adventureプレミアム・スタンダード:278万6000円
BMW R1250GS Adventureプレミアム・ライン:278万6000円