現地時間の朝8:00に23台でスタートを切ったエストリル12時間。ポールスタートのYARTヤマハはエンジンがかからず出遅れてしまい、ホールショットを奪ったのはF.C.C. TSR Honda France(TSRホンダ)。それにSuzuki Endurance Racing Team(SERT)が2番手、BMW MOTORRAD WORLD ENDURANCE TEAM(BMWモトラッド)が3番手と続く。
オープニングラップではSERTがトップを奪うが、すぐにBMWモトラッドがトップに立ち、Wojcik Racing Team、TSRホンダ、SERT、ERC-Enduranceという列になり、YARTヤマハは1周目で12番手までポジションを落とした。
後方ではMotobox Kremer Racing #65、No Limits Motor Teamが2コーナーでクラッシュ。8分が過ぎて5周目に入ると、ドゥカティ・パニガーレV4Rを駆る5番手のルイ・ロッシ(ERC-Endurance)が転倒してしまい、ピットインしてほぼ最後尾に。その後、マシンの修復が不可能と判断してリタイアとなった。
レース開始から30分を過ぎると2番手を走行するTSRホンダをYARTヤマハがかわす。50分が過ぎるとWEBIKE SRC KAWASAKI FRANCE TRICKSTAR(SRCカワサキ)、YARTヤマハ、Wojcik Racing Team、TSRホンダと上位陣がルーティーンのピットイン。2番手のSERT、トップのBMWモトラッドも数周後にピットに入り燃料補給とライダーの交代を行った。
最初の1時間はBMWモトラッドが首位を守り、YARTヤマハ、SRCカワサキ、SERT、TSRホンダ、Wojcik Racing Teamと続く。しかし、1時間10分が経過したところで、トップを走るBMWモトラッドのピーター・ヒックマンが6コーナーで転倒を喫する。
そのまま順調にレースが進み5時間経過時点ではYARTヤマハ、TSRホンダ、SRCカワサキ、SERTのトップ4台が同一周回。Wojcik Racing Teamが1周遅れと僅差の戦いでレースが進んでいく。
その後もピットインのタイミングで順位が入れ替わることがあるが大きな変動はなく、レース折り返しの6時間が過ぎた時点では210周を周回したYARTヤマハ、その後ろにTSRホンダ、SRCカワサキ、SERT、Wojcik Racing Teamと続く。それからもラップリーダーはYARTヤマハからTSRホンダに入れ替わることがあったが、YARTヤマハが再度トップに躍り出る。