スカイマークは4月28日、新型コロナウイルスの感染拡大を受け、5月11日から22日までの国内線で運休や減便を行うことを発表した。
対象路線は、東京/羽田～札幌/千歳・神戸・福岡・長崎（神戸経由）・鹿児島・沖縄/那覇線、茨城～札幌/千歳・沖縄/那覇線、名古屋/中部～札幌/千歳・東京/成田・鹿児島・沖縄/那覇線、神戸～札幌/千歳・仙台・茨城・長崎・鹿児島・沖縄/那覇線、福岡～札幌/千歳・茨城・沖縄/那覇線、鹿児島～奄美線の、経由便を除く21路線、1,578便が対象となる。
運休便の利用者には全額払い戻しや振り替え、減便対象便は前後便へ振り替え、希望により別便への変更や払い戻しを案内する。
これにより、期間中の運航便は、東京/羽田～札幌/千歳・神戸・福岡・鹿児島・沖縄/那覇線と神戸～札幌/千歳・沖縄/那覇線の7路線264便となる。
