香港エクスプレス航空は、3月9日以降、全ての日本路線を一部運休する見通しであることがわかった。すでに航空券の販売を停止した。
東京/羽田・高松・福岡～香港線は3月9日から31日まで、名古屋/中部・広島・長崎・熊本～香港線は3月9日から4月1日まで、沖縄/那覇～香港線は3月9日から4月2日まで、鹿児島～香港線は3月9日から4月3日まで運休する。日本政府は、3月9日以降に香港やマカオを含む中国から日本に入国する旅客に対し、指定場所での14日間の待機と、公共交通機関の利用自粛を要請することを決めており、日本の空港への航空便の乗り入れを制限することをすでに発表している。
香港から日本への航空便の乗り入れが認められる、東京/成田・大阪/関西の2空港へのフライトは3月12日まで運航し、3月13日から31日まで運休する。
この他の日本線では、石垣～香港線は3月7日から5月2日まで、下地島～香港線を2月12日から6月12日まで、すでに運休している。石垣～香港線は5月3日から31日まで、木・土・日曜のみ運航することを計画している。
この他の香港発着国際線では、ソウル/仁川・釜山・台中・寧波・サイパン～香港線を運休しており、済州～香港線の運休も発表している。
