しかしセッションスタートから1時間30分をすぎたところで、赤旗提示。これは、それまで2番手を走っていた山本尚貴(TEAM MUGEN)が100Rでコースアウトしマシンを止めたことが原因で、約15分にわたりマシン回収のためにセッション中断となる。この時点で、トップの平川亮(ITOCHU ENEX TEAM IMPUL)を含め1分23秒台にとどまっていた。
2番手には山下、3番手には福住がつけ、石浦は午前のセッションと同じ4番手、5番手には塚越広大(REAL RACING)が続き、午前のセッションでトップだった関口雄飛(ITOCHU ENEX TEAM IMPUL)は7番手、ルーキー勢としては松下信治(DOCOMO TEAM DANDELION RACING)が11番手、ピエトロ・フィッティパルディ(UOMO SUNOCO TEAM LEMANS)が9番手に食い込んだ。