同作に登場するゴジラは、「怪獣」と呼ばれる巨大生物を駆逐する究極生物という設定。半世紀にわたる怪獣との戦いに敗れた人類が決行した他惑星への移民計画と、その頓挫を背景に、長距離亜空間航法で地球に帰還した主人公ハルオ・サカキらが、2万年後の地球上で築き上げられた、ゴジラを頂点とする未知の生態系を目にするというあらすじだ。
公開されたビジュアルには、白と黒で描かれたゴジラの姿が登場。「絶望は進化する」というキャッチコピーも確認できる。首や背中、脚部がこれまでよりも分厚くなったゴジラのビジュアルについて静野孔文監督は「これまでのゴジラに縛られなくていいと当初より東宝さんからお許しをいただいたので、自由な発想でアニメならではのかっこいいゴジラが出来上がったと思います」とコメント。
共同監督を務める瀬下寛之は、「膨大な質量を支える為の独特の体組織と筋繊維の集積により、とてつもなく逞しいフォルムの造形となりました」と語っているほか、「創造した我々自身が平伏すような、恐ろしくも神々しい、作品全体を震わせる圧倒的な存在。それが本作のゴジラです」と紹介している。またエグゼクティブプロデューサーの古澤佳寛（東宝）は「生命として2万年成長し続けた結果、『シン・ゴジラ』に登場する個体をも超える歴代最大サイズのゴジラが誕生しました」と語っている。
またビジュアル公開とあわせて、劇場公開日が11月17日になることも発表。なお同作のストーリー原案と脚本を『魔法少女まどか☆マギカ』の虚淵玄、キャラクターデザイン原案をコザキユースケ、制作をポリゴン・ピクチュアズが担当している。
