原作漫画や1995年に公開された押井守監督のアニメ映画『GHOST IN THE SHELL/攻殻機動隊』などのシリーズ作品をベースとした映画だ。あらすじは、脳以外の全身義体を施された少佐が率いる公安9課は、ハンカ・ロボティックスのサイバーテクノロジーを狙うテロ組織を闘う。捜査を進めていくうちに少佐の脳に隠された過去の記憶が明らかにされていくというもの。今回の実写映画版は、原作はもちろん前述の押井守監督によるアニメ映画『GHOST IN THE SHELL』や、神山健治監督のTVシリーズ『STAND ALONE COMPLEX』など様々な要素が加えられている。
『攻殻機動隊』は、元々1991年にコミックスが発売された第三次核大戦と第4次非核大戦を経た2029年以降を舞台としたSF作品で、原作コミックスは勿論1995年に公開された押井守監督のアニメ映画『GHOST IN THE SHELL / 攻殻機動隊』や1997年にPlayStationで発売されたゲーム版『攻殻機動隊 GHOST IN THE SHELL』など様々な媒体でシリーズが展開されている(なおPSで発売されたゲーム版はアニメ映画版やTVシリーズとは声優が異なる)。