前作も配信していたGYAO!は、2016年最もユーザーに支持されたエンターテインメントコンテンツを表彰する「GYAO Entertainment service Awards 2016」を発表。その中で『磯部磯兵衛物語』がGYAO!アニメ部門を受賞したことも発表された。
これは2月24日にYahoo! JAPAN本社にて行われた「GYAO パートナー感謝祭 2017」で明らかになったもので、『磯部磯兵衛物語』は累計再生回数が1,100万回を突破したことが受賞の要因になった。第2期の配信により、再生回数もさらに伸びていくことだろう。