ランキングは再生数、シェア数、コメント数、評価、派生動画の数といった要素をもとに選定。「ミュージックビデオランキング」「トレンド動画ランキングトップ10」の2つのカテゴリに分けて発表された。
「ミュージックビデオランキング」は、2016年にアップロードされたPVやパフォーマンスの動画など、音楽関連動画が対象。1位に輝いたのは、先日1億回再生を達成したピコ太郎の『PPAP（Pen-Pineapple-Apple-Pen Official）ペンパイナッポーアッポーペン』。2位にはRADWIMPSのPV『前前前世（movie ver.）』、3位にRADIO FISH『PERFECT HUMAN』のショートバージョンが続いている。4位に欅坂46『サイレントマジョリティー』、6位に星野源『恋』、7位にPerfume『FLASH』がランクインした。
音楽関連動画を除く動画が対象となる「トレンド動画ランキングトップ10」。1位には新海誠監督の映画『君の名は。』の予告編が輝いた。また『君の名は。』の予告編の第2弾が4位にランクインしている。2位はリオデジャネイロオリンピックの閉会式で行なわれた「トーキョーショー」を映したNHKの公式動画。3位と6位、8位、10位はYouTuberのはじめしゃちょー、5位にフィッシャーズ、9位にHIKAKINがランクインした。
なお『YouTube Rewind』のオフィシャルチャンネルで2016年の国内ランキングを振り返るプレイリストが公開された。
