各車20分ほどで一度ピットに戻り、ニュータイヤを装着しアタックを開始。各車が続々とタイムを上げていこうかというところで、このセッション最初の赤旗が提示されてしまう。ここまで慎重にコースを攻略し、開始28分に2分13秒772という自己ベストをマークしていたばかりの佐々木大樹(B-MAX Racing Team)がマタニティでクラッシュしてしまったのだ。
その他の全日本F3勢では、牧野任祐(TODA RACING)がこの予選2回目でタイムを刻み22番手につけた。苦戦していたヤン・マーデンボロー(B-MAX Racing Team)は25番手。クラッシュした佐々木は26番手となった。午前のプラクティス2で大クラッシュに見舞われたイェ・ホンリー(B-MAX Racing Team)は、修復が間に合わず予選2回目は走れず27番手。坪井翔(TEAM TOM'S)は29番手で予選を終えた。