『CYBORG009 CALL OF JUSTICE』の公開を記念して、WEBマンガサイト「コミッククリア」にてコミカライズ連載が決定した。映画公開日の11月25日にプロローグ編の第0話が配信される。
マンガ版はパソコン用ゲーム『エメラルドドラゴン』などで知られるマンガ家・木村明広が作品を手がける。今回の起用について「この度『CYBORG009 CALL OF JUSTICE』をコミカライズさせて頂くことになりました。最初の画集で009のイラストを描かせて頂いた程の009愛(※003愛)が身を結び、感無量であります。アニメの方は3Dなので、こちらは2D版の新作009として楽しんで頂けるよう頑張ります!」とコメントを発表した。
キービジュアルにはゼロゼロナンバーサイボーグたちが集結。躍動感あふれるビジュアルに仕上がった。11月25日にプロローグ編となる第0話、12月9日には第1話が配信。第2話以降は毎月第2金曜日の更新を予定している。
『CYBORG009 CALL OF JUSTICE』は11月25日より全3章が各章2週間限定で公開となる。