MotoGP第13戦サンマリノGP、MotoGPクラスはイタリアのミサノ・ワールド・サーキット‐マルコ・シモンチェリで2日目の予選を行い、ホルヘ・ロレンソ(モビスター・ヤマハ)が1分31秒868でポールポジションを獲得した。
MotoGPクラスの3回のフリー走行でトップに立ったのは、2日目午前中のフリー走行3回目でトップに立ったマルク・マルケス(レプソル・ホンダ)。アンドレア・イアンノーネ(ドゥカティ)は今朝の段階で最終的なメディカルチェックを受け、欠場を正式決定した。イアンノーネの欠場により、今レースにワイルドカード参戦していたミケーレ・ピロ(ドゥカティ)が代役として参戦することになり、ピロはフリー走行総合で9番手につけていたが、イアンノーネのフリー走行総合結果が適用されたため、Q1に出走することになった。このため、フリー走行総合11番手のアルバロ・バウティスタ(アプリリア)が繰り上がり、Q2進出を果たした。
総合11番手以下のライダーによって争われるQ1でピロはトップタイムを記録、2番手のエクトル・バルベラ(アビンティアレーシング)と共にQ2進出を果たし、このふたりを加えた12名のライダーによって、Q2は争われた。
Q2ではロレンソが序盤からトップタイムを記録。開始5分すぎに自身が持つポールレコードを更新する1分32秒076を記録する。残り5分で2回目のアタックが始まると、ロレンソは終了1分前に1分31秒868をたたき出し、ミサノで初めて1分31秒台のタイムを記録、1分31秒台を記録したのはロレンソのみで、文句なしのポールレコードでの今シーズン3度目のポールポジション獲得となった。
フリー走行総合8番手でQ2に進んだバレンティーノ・ロッシ(モビスター・ヤマハ)は直前のフリー走行4回目でトップタイムを記録。Q2でもロレンソを追ったが届かず。それでも、1分32秒216で2番手を獲得し、ヤマハ勢が予選ワンツーを占めた。
終盤のアタックで1分32秒381を記録したマーベリック・ビニャーレス(スズキ)が3番手フロントロウを獲得。マルケスは1分32秒443で4番手に終わった。
Q1からQ2に進んだピロは1分32秒467で5番手にジャンプアップ、ドゥカティ勢のトップとなった。チームメイトのアンドレア・ドビジオーゾ(ドゥカティ)が1分32秒677で6番手に続いた。
7番手に1分32秒743でカル・クロッチロウ(LCRホンダ)が続き、インディペンデントチームのトップに。8番手に1分32秒859でダニ・ペドロサ(レプソル・ホンダ)が続き、アレイシ・エスパルガロ(スズキ)は終盤のアタック中に10コーナーで転倒、1分32秒918で9番手。初日総合トップにつけ、総合3番手でQ2に進出したポル・エスパルガロ(ヤマハ・テック3)は1分33秒002で10番手に後退。Q1から上がったバルベラは1分33秒301で11番手、バウティスタは1分33秒929で12番手となった。
以下、Q1のタイム順にステファン・ブラドル(アプリリア)が1分33秒399で13番手、アレックス・ロウズ(ヤマハ・テック3)が1分33秒635で14番手、ダニロ・ペトルッチ(プラマック)は1分33秒716で15番手。
16番手に1分33秒772でユージン・ラバティ(アスパー・チーム)、17番手に1分33秒847でジャック・ミラー(マークVDS)、18番手に1分33秒989でスコット・レディング(プラマック)、19番手に1分34秒302でティト・ラバット(マークVDS)、20番手に1分34秒465でヨニー・エルナンデス(アスパー・チーム)、21番手に1分35秒161でチャビ・フォレズ(アビンティアレーシング)の順となった。