午後も路面コンディションはドライ。上空も午前に引き続いて晴れと曇りの中間といったところであった。路面温度はセッション中の最高温度が26度程度で、概ね20度台で推移している。午前中のセッションでアクシデントがあったジェームス・ロシター(KONDO RACING)や小林可夢偉(SUNOCO Team LeMans)らもマシン修復を完了し、ホンダ・テストカーの武藤英紀を含む全20台が走行を重ねた。
セッション開始から1時間5分ほどが経過した3時05分頃、ここでストフェル・バンドーン(DOCOMO TEAM DANDELION RACING)が1分14秒071で山本を上回る。しかし、すぐに山本が再びトップを奪って、1分13秒949、1分13秒608と1分13秒台へと投入。そして2時間半のセッション終盤になると、いよいよセクター最速タイムを刻むマシンの姿が目立つようになってきた。しかし、山本が1分13秒263、そして唯一の12秒台となる1分12秒902へとタイムを更新し続け、ライバルたちがこれを上回ることはなかった。
午後の2~3番手は中嶋一貴(VANTELIN TEAM TOM'S)とバンドーン。岡山初走行のバンドーンは一貴に0.022秒差の1分13秒352まで迫っている。なお午前と午後の初日総合結果では、午前セッション最速のジョアオ・パオロ・デ・オリベイラ(ITOCHU ENEX TEAM IMPUL)の1分13秒228が2番手となっている。