8分ほどの中断の後、残り時間16分10秒でセッション再開に。そこから3分が経たないうちに、午前のセッションで3番手タイムをマークしていた野尻智紀(DOCOMO TEAM DANDELION RACING)が2コーナーの先でウォールに接触。再び赤旗が提示されるが、野尻は自走でコースへ復帰しており、すぐにセッションは再開。野尻も自走で復帰したことから再出走を果たした。
残り3分ほどになると各車続々と最速タイムを更新。小林可夢偉(KYGNUS SUNOCO Team LeMans)、ロッテラーと1分5秒台でトップタイムが更新されていくが、それを上回ってトップにつけたのが、ランキング3位につけるジョアオ-パオロ・デ・オリベイラ(LENOVO TEAM IMPUL)。1分5秒637でこのセッションの首位となった。
2番手には最後に自己ベストを更新した小暮が入り、ロッテラー、可夢偉、石浦宏明(P.MU/CERUMO・INGING)、中嶋一貴(PETRONAS TEAM TOM’S)と続いた。石浦は、アタックラップ1周目の馬の背でコースアウトを喫するも、そのままアタックを続けて1分5秒793までタイムを伸ばした。また、赤旗後再出走を果たした野尻も、10番手でQ2進出を果たしている。
ノックアウトゾーン近辺では、中山が終盤まで16番手となっていたが、最後のアタックで8番手に滑り込んだ。一方、これによりベルトラン・バゲット(NAKAJIMA RACING)が押し出される形で15番手に。国本雄資(P.MU/CERUMO・INGING)、ナレイン・カーティケヤン(DOCOMO TEAM DANDELION RACING)、ウイリアム・ブラー(KONDO RACING)、そしてスピンを喫してセッションを終えたロシターがQ1敗退となった。
一方、伊沢拓也(REAL RACING)は可夢偉のタイムアップにより9番手となりQ2敗退に。マシンを降りた伊沢が、石浦陣営に抗議へ向かう姿も見られた。加えて、アンドレア・カルダレッリ(LENOVO TEAM IMPUL)、中嶋大祐(NAKAJIMA RACING)、塚越広大(REAL RACING)、平川亮(KYGNUS SUNOCO Team LeMans)、中山もこのセッションで予選を終えている。