赤旗掲示から約6分後、9時25分に走行は再開。しかし、再開5分後に、嵯峨宏紀のTOYOTA PRIUS apr GTとヨルグ・ミューラーのStudie BMW Z4が1コーナーで接触しクラッシュ。プリウスは左フロントタイヤをバーストしながらも自力でピットまで辿り着いたが、Z4は1コーナー先のランオフエリアでストップしてしまう。マシンとコース上に散乱したパーツ片を回収するために、セッション2度目の赤旗が掲示された。この時点でのトップタイムは、88号車マネパ ランボルギーニ GT3が記録した1分39秒016。2番手はクラッシュしたStudie BMW Z4が1分39秒160で続き、3番手にLEON SLSが1分39秒247がつけている。
中断から約13分後、残り時間50分でセッションは再開され、各車続々とコースインしていく。ここでは、玉中哲二がドライブしていたマッハ車検 with いらこん 86c-westがプリウスコーナーでスピンしたほかは、大きなアクシデントはなく各車は順調に周回を重ねていったが、セッション序盤に記録された上位3台のタイムを上回るマシンは現れず、GT300クラス占有走行の時間帯を迎えた。
10分間の占有走行でも、アクシデントはなかったものの、大きなタイムアップを果たすマシンも現れず、このままセッション終了かと思われた。しかし、セッション終了間際に3番手につけていた蒲生尚弥のLEON SLSが、自身のベストタイムを0.4秒上回る1分38秒865を記録し。ひとり1分38秒台に突入しトップに浮上した。2番手にランボルギーニが続き、3番手にはクラッシュしたStudie BMW Z4が続きセッションは終了した。