その後、各車とも一旦ピットへと戻り、残り5分を切ったところで再びアタックが過熱していく。チェッカーに向けてタイムが更新されていくが、ここでも山本が1分38秒756をマークしてトップに。2番手に野尻智紀(DOCOMO TEAM DANDELION RACING)が続き、小暮、ナレイン・カーティケヤン(DOCOMO TEAM DANDELION RACING)と4番手までをホンダ勢がキープ。小林可夢偉(KYGNUS SUNOCO Team LeMans)の5番手がトヨタ勢のトップとなった。
一方、平川亮(KYGNUS SUNOCO Team LeMans)、アンドレア・カルダレッリ(LENOVO TEAM IMPUL)というスーパーGT開幕戦ウイナーのふたりは、15番手、16番手に並んでこのQ1で予選を終えることに。17番手のベルトラン・バゲット(NAKAJIMA RACING)に続き、ウイリアム・ブラー(KONDO RACING)、中山雄一(KCMG)もここで予選を終えている。
ここでもチェッカーに向けて続々とトップタイムがマークされていったが、ここで首位に立ったのは1分38秒598をマークしたカーティケヤン。2番手にはチームメイトの野尻が続き、3番手に山本。ここでもホンダ勢が上位を占めた。トヨタ勢は、ジョアオ-パオロ・デ・オリベイラ(LENOVO TEAM IMPUL)の4番手がトップとなった。
Q3: そして14時37分から始まった7分間の予選Q3には、カーティケヤン、野尻、山本、オリベイラ、国本雄資(P.MU/cerumo・INGING)、中嶋一貴(PETRONAS TEAM TOM’S)、アンドレ・ロッテラー(PETRONAS TEAM TOM’S)、石浦宏明(P.MU/cerumo・INGING)という8名が進出。