脚本および総監督を務めるのは『エヴァンゲリオン』シリーズの庵野秀明。さらに、監督および特技監督を、1984年公開の『ゴジラ』にスタッフとして参加したほか、『ガメラ 大怪獣空中決戦』などで特技監督を務め、今夏には監督作の実写版『進撃の巨人』が公開される樋口真嗣が担当する。庵野と樋口は、2012年に庵野が企画、脚本を手掛け、樋口が監督した短編映画『巨神兵東京に現わる』が公開されるなど、30年来の親交があるという。
2012年の『ヱヴァンゲリヲン新劇場版：Q』公開後、うつ状態となり、心のリハビリを経て、『シン・エヴァンゲリオン劇場版:||』完成に向けた作業を進めているという庵野。2013年1月に『ゴジラ』新作の総監督のオファーを受けて一度は固辞したものの、東宝製作陣の想いや樋口の熱意から、「過去の継続等だけでなく空想科学映像再生の祈り、特撮博物館に込めた願い、思想を具現化してこそ先達の制作者や過去作品への恩返しであり、その意思と責任の完結である」「今しか出来ない、今だから出来る、新たな、一度きりの挑戦」「エヴァではない、新たな作品を自分に取り入れないと先に続かない」という想いに至り、5月には同作の主題を決めたとのこと。
庵野は同作について、「ゴジラが存在する空想科学の世界は、夢や願望だけでなく現実のカリカチュア、風刺や鏡像でもあります。現在の日本でそれを描くという無謀な試みでもあります。正直、世界資本に比べると制作費も制作時間も極端に少ない日本の現場で、様々な内容面に関する制約の中で、果たしてどこまで描けるのかはわかりません」としながら、「映画としてのプライドを持ち、少しでも面白い映像作品となる様に、本作もシン・エヴァも全力で作っていく事が、今の僕に出来る事だと思って作業を進め、映画の方向性や脚本内容等で紆余曲折あり、現在に至っています」と意気込みを語っている。
また、樋口は「その復活に胸躍らせて映画制作の現場に忍び込んで三十年が経ち、その現場で目の当たりにした理想と現実の差を自由なアマチュア映画の世界の第一線を走っていたヒーローにブチまけてからも三十年。ついに時がきました」とコメント。
作品については、「この偉大なる神を生んだこの国に生まれたこと、特撮という仕事に巡り合え、続けてこれたこと、そしてこの機会が巡ってきた運命に感謝しつつ、来年、最高で最悪の悪夢を皆様にお届けします」と語っている。
東宝製作による『ゴジラ』シリーズとしては、2004年の『ゴジラ FINAL WARS』以来、12年ぶりの新作となる同作。日本を舞台に、これまでで最大とされているハリウッド版の『GODZILLA ゴジラ』に登場した108メートルのゴジラを超える大きさのゴジラが、日本の町並みを蹂躙していく様が描かれるという。
