同作は、手塚治虫が死の直前まで病床で綴っていた日記に触発されて制作されたもの。手塚作品の根底に流れる生命の尊さを描いた作品になっているという。映画初主演となる野田は、主人公・園田宏役を演じる。
監督を務めるのは、現代美術家・ピュ～ぴるを約8年間にわたって撮影したドキュメンタリー映画『ピュ～ぴる』で知られる松永大司。製作を手掛けるのは、映画『ノルウェイの森』『ハチミツとクローバー』『真夜中の弥次さん喜多さん』などをプロデュースした小川真司と、映画『ヘルタースケルター』『監督失格』などをプロデュースした甘木モリオ。
ストーリーなどの詳細は明かされていないが、手塚治虫が死の1か月前となる1989年1月に綴った日記では、映画のタイトルとして採用された「トイレのピエタ」という言葉について、「今日素晴らしいアイデアを思いついた！トイレのピエタというのはどうだろう。癌の宣告を受けた患者が、何一つやれないままに死んでいくのはばかげていると、入院室のトイレに天井画を描きだすのだ…」「浄化と昇天。これがこの死にかけた人間の、世界への挑戦だったのだ！」と記されている。
